Con la llegada salvadora del oxigeno, Solid escuchó un grito desgarrador justo al otro lado de la puerta. Ni sus muchos años de entrenamiento ni la naturaleza de las misiones que había ejecutado con éxito… Nada podía haberlo preparado para experimentar el horror que le esperaba en aquel pasillo. Paredes manchadas de sangre, cadáveres por los suelos, gritos… y por último la visión de un ser invisible trinchando con su espada Chokuto el cuerpo moribundo de un soldado de FoxHound. Era él. El misterioso ninja que liberó a Baker y sesgó la man6 de Revolver Ocelot… ¿A qué era debido tanto ensañamiento, tanta crueldad con el enemigo? Desactivado su camuflaje óptico, el ninja atravesó la puerta del fondo, seguido de Solid Snake. Dentro de lo que parecía una sala de programación, Snake descubrió al ninja delante de un hombrecillo aterrado, que ante la visión de semejante bestia parda no pudo hacer otra cosa que orinarse en los pantalones y ocultarse en el interior de un armario, Aunque no habían coincidido en toda su vida (salvo por el incidente con Revolver Ocelot) el ninja pareció no sorprenderse demasiado con la llegada de Snake. Incluso conocía su nombre. Tras cruzar unas cortas pero intensas palabras, el ninja retó a Snake a entrar en combate.
Ante la imposibilidad de usar arma de fuego alguna (el ninja repelía todas las balas con la espada Chokuto), la única posibilidad de atacar al cyborg pasaba por los golpes directos (patadas y puñetazos). Tras acertarle dos veces, el ninja se hizo el chulo, enfundó el sable e invitó a Solid a un combate limpio, con las manos desnudas. Las demoledoras tácticas de combate del ninja hicieron buena mella en el físico de Snake, obligándole en todo momento a tener un ojo en las raciones antes de que fuera demasiado tarde para poder usarlas. Pero como todas las máquinas, el cyborg tenía un punto débil, mejor dicho dos. Las granadas Chaff fueron muy efectivas para dejarle fuera de combate durante unos segundos, en tanto la combinación de golpes puño, puño, patada, resultó demoledora.
Durante el combate Solid Snake pudo recoger todo tipo de items dispersos por el laboratorio, como munición para Socom y FAMAS, una ración o las siempre útiles granadas Chaff. Con extremo cuidado al esquivar sus temibles patadas aéreas, Solid fue menguando las energías del ninja con constantes lluvias de golpes. Cuando llevaba algo más de media barra de vida consumida, el misterioso ninja escapó del alcance de Snake, activó su camuflaje óptico y dio comienzo a una particular variación del juego del escondite. Solid debía averiguar desde dónde le emboscaba su enemigo, y no había mejor herramienta para averiguarlo que las gafas de visión termal. Con ellas equipadas fue fácil averiguar en todo momento la nueva ubicación del ninja, pudiendo continuar con la zurra. Tras encajar unos cuantos impactos, el ninja volvió a cambiar de táctica de combate. Inició entonces una aproximación lenta, pausada hacia Snake. La trampa consistía en que antes de que Solid pudiera conectar el primer golpe, el ninja desaparecía para volver a surgir tras la espalda o a uno de los lados de Snake, propinándole el más demoledor de los puñetazos. Esta técnica traidora por suerte era bastante previsible, por lo que Solid no tuvo más que amagar el puñetazo y preparar el verdadero ataque ante la nueva aparición del ninja. Con cinco series de golpes y patadas encajados, el ninja pareció volverse loco. De su cuerpo comenzaron a brotar rayos de electricidad, siendo rodeado por un campo magnético. Es entonces cuando Snake hizo uso de las armas de fuego, ya fuera la pistola Socom o el rifle FAMAS. Unos cuantos impactos de bala y el ninja mordió el polvo…
(Si durante la batalla contra el ninja te acercas al armario donde se ha escondido el Dr. Emmerich, te pegas a la puerta y las golpeas con el puño… podrás oír los lamentos de terror del propio Doctor).
Sólo cuando fue finalmente derrotado, el ninja dio las primeras pistas sobre su identidad, para después desaparecer de escena. Una comunicación vía Codec arrojó toda la luz sobre el asunto. Tras ese aspecto robótico y aterrador se escondía el rostro de Frank Jaegar (más conocido como Gray Fox), que contra todo pronóstico si llegó a sobrevivir al incidente de Zanzibar (Metal Gear 2 Solid Snake de MSX), aunque ahora tenia más de máquina que de ser humano. El que sí que parecía humano era el Dr. Emmerich, a raíz de lo que temblaba al salir del armario. Hal Emmerich, eminente científico y fan de la animación japonesa (de ahí le viene su a podo, Otacon), fue el primer sorprendido de la capacidad nuclear del Metal Gear Rex. Tras contar a Snake su propio drama familiar (su abuelo participó en el proyecto Manhattan (la creación de la famosa bomba atómica que arrasó Hiroshima y Nagasaki), Otacon se juró que desactivaría a Metal Gear Rex, aún a riesgo de su vida, en la base subterránea en la que descansaba, al norte de las torres de comunicación. Aunque al principio sentía unas fuertes ganas de empotrarle contra la pared debido a su participación en el proyecto Metal Gear, Snake acabó por tomar simpatía hacia este tipo que le demostró las virtudes del camuflaje óptico (el mismo que poseía el ninja) y le asesoró sobre la manera de detectar a Meryl entre todos los soldados. Por último, le entregó la llave de nivel 4 (por primera vez Snake obtenía la tarjeta de alguien que no se desplomaba segundos después). Antes de despedirse y desaparecer por la puerta, Otacon informó a Snake de su dial de Codec (141.12) por si tenia dudas sobre el proyecto Metal Gear.