Un largo pasillo, trufado de trampas (y con una ración y granadas Chaff por el camino), dio paso a una impresionante estructura sobre el agua, vigilada por nada menos que 41 cámaras con ametralladoras. El sonido de la caída de agua procedente de la izquierda amortiguó el zumbido de aquel aterrador despliegue de vigilancia, ante el cual sólo quedaban dos salidas posibles: el uso indiscriminado de misiles Stinger o una económica granada Chaff. La segunda opción, bastante más viable, proporcionó a Solid el tiempo necesario no sólo para cruzar el puente, sino para investigar la zona Este de la plataforma con bastante éxito (15 misiles Stinger). Tras superar otra puerta y un corto corredor, Solid Snake divisó al fin su verdadero objetivo… Allí estaba. Infinitamente más terrorífico y gigantesco que los anteriores prototipos (aquellos que destruyó en Outer Heaven y Zanzibar), sin duda este Metal Gear se había ganado el apelativo de Rex. Como un cohete espacial, Metal Gear Rex era tan grande que para llegar hasta su cabeza era necesario ascender por diversas escaleras y plataformas. El piso más bajo estaba rodeado de un canal de agua, bastante contaminada, a raíz de cómo descendió la energía de Snake nada más entrar en ella. Aunque su tamaño impresionaba, Solid recordó el objetivo de su misión: destruirlo o desactivarlo. Y para ello necesitaba llegar hasta arriba. Por lo que se puso manos a la obra. Segundos antes de trepar por la primera escalera, Otacon se puso en contacto vía Codec. Estaba intentando acceder a los ficheros informáticos de Baker, con la intención de averiguar el misterio de la PAL key, una de las tres llaves que servirían para desactivar a Metal Gear Rex de una vez por todas. Tras prometer informar a Solid de sus descubrimientos, cortó la comunicación, con lo que Snake volvió a poner manos a la obra. La primera plataforma tenía ítems interesantes, como unas granadas Chaff y munición para el rifle FAMAS. La segunda plataforma estaba a una altura más considerable, con más granadas Chaff, balas para FAMAS y diez misiles Stinger (y eso sólo la cara Este). Para acceder a la cara Oeste, Solid tuvo que ascender hasta la misma cabeza de Metal Gear Rex, pero justo cuando iba a saltar al Oeste pudo identificar al fondo dos cabezas dentro de lo que parecía una cabina de control. Los prismáticos le otorgaron un juicio más fiable. Tal y como parecía de lejos, eran Liquid y Revolver Ocelot. Parecían discutir. De pronto, el Codec volvió a resonar en el oído interno de Solid. Otacon había accedido a los archivos de Baker. Aún sin saber de momento el secreto de la PAL key, obtuvo toda la información sobre el armamento de Metal Gear Rex, sobre su sistema de camuflaje óptico, y de cómo los terroristas le habían incorporado carga nuclear en sus misiles. Debía parar esa máquina como sea. La cara Oeste de la plataforma estaba guardada únicamente por un soldado, fácilmente abatible con el rifle PSG-1. Con él muerto, Solid sólo tuvo que acercarse a la cabina para escuchar la conversación de Liquid y Revolver Ocelot. El diálogo entre ambos no tuvo desperdicio. Al parecer, el nuevo objetivo para el lanzamiento no era Washington, sino un punto determinado de China, con la intención de crear un conflicto internacional. Los otros países sabrían de la existencia de Metal Gear Rex, y pagarían mucho dinero por tener sus servicios. Un dinero necesario para encontrar la vacuna de FoxDie… el virus que mató a Baker y Decoy Octopus. Mantis se salvó de él por ir protegido constantemente con una máscara, y Sniper Wolf por su ingestión continua de tranquilizantes, pero ellos podían ser los próximos en caer. Con la vacuna y el DNA de Big Boss, podrían recrear de nuevo el sueño del viejo: Outer Heaven. La llamada de Otacon por el Codec no pudo ser más oportuna. El secreto de la PAL Key estaba delante de sus narices. La tarjeta estaba confeccionada de un material sensible a los cambios de temperatura. Era como poseer tres llaves en una. Unicamente había que exponer la llave a diferentes ambientes para lograr el color deseado. Luego era preciso introducir la llave, color por color, en los tres diferentes terminales de la sala de control, de izquierda a derecha. Amarillo, Azul, Rojo. Normal, frío, calor. Era tal la emoción de Solid que no advirtió a tiempo que su presencia había sido detectada por Liquid y Revolver Ocelot. Este último demostró que no era tan malo disparando con la izquierda, acertando sobre la mano de Snake. La PAL Key voló unos instantes por el aire, para caer al vacío. Detectado y perseguido, Solid Snake debía recuperar esa llave antes de que fuera tarde.
Mientras intentaba desembarazarse de la multitud de guardias que salían a su paso, Solid buscó el camino para bajar hacia los pies de Metal Gear Rex, y a poco de iniciar el descenso por la primera escalera, la situación comenzó a normalizarse. El detector de minas y las gafas de visión térmica fueron de gran utilidad para determinar el paradero de la PAL Key, hundida bajo las tóxicas aguas del canal de agua, así como de la situación de las incontables raciones allí sumergidas. Durante la búsqueda también encontró otros hallazgos menos agradables, como bombas de tiempo (del mismo tipo que le introdujo Revolver Ocelot en el uniforme), que tuvo que arrojar del interior de su inventario, antes de que fuera tarde.
(Todos aquellos jugadores que a estas alturas de la aventura hubieran destacado por ser detectados por los soldados o cámaras de seguridad en sólo diez ocasiones o menos, van a encontrar un handicap añadido a la hora de localizar la PAL Key. En lugar de reposar en el fondo del canal, la tarjeta habrá sido engullida por una rata, de tal forma que deberán localizar y neutralizar al roedor para conseguirla).
Con la PAL key de nuevo en sus manos, Solid inició el regreso a la cabina de control, de cuyo interior habían desaparecido misteriosamente Liquid y Revolver Ocelot. Eso sí, las cámaras de vigilancia seguían peligrosamente activas, obligando a Snake a tirar de granada Chaff para desactivarlas momentáneamente. Tal y como le explicó Otacon, Solid introdujo la tarjeta PAL en su estado normal (amarillo) en el primer terminal, el de la izquierda. Activado éste, la tarjeta expulsada del terminal fue recogida por Solid, que emprendió la búsqueda de alguna zona que, por sus bajas temperaturas, pudiera mutar el color amarillo de la tarjeta por el azul, el adecuado para activar el segundo terminal. Snake no tuvo que caminar mucho. El depósito de contenedores donde se desarrolló el enfrentamiento con Vulcan Raven resultó ser el escenario ideal para congelar la PAL Key. Para ello sólo tuvo que seleccionarla y mantenerla así hasta que tomara un tono azulado, con la única compañía de los cuervos. Sólo bastaron unos minutos para lograr su objetivo, con lo que Snake inició sin detenerse el camino de retorno a Metal Gear Rex y su cabina de control. Con las cámaras fuera de juego, era cosa fácil introducir la PAL key azulada en el segundo terminal, el del centro. Ya sólo quedaba activar el terminal de la derecha, el rojo, para el cual era necesario calentar la tarjeta PAL en algún lugar de temperatura elevada… ¡El cuarto de calderas de la fundición se encargaría de ello! El camino fue largo y penoso, pero mereció la pena el esfuerzo. Durante el viaje de ascenso, una comunicación vía Codec de Master Miller añadió luz a las sospechas sobre la doctora Hunter, sobre todo en lo referente a aquel extraño virus al se referían Liquid y Revolver Ocelot: FoxDie. ¿Estaría el propio Solid contagiado de él? La doctora Hunter le inyectó un montón de sustancias antes de iniciar la misión. Y las cosas no se tornaron mejor para ella, ya que Campbell informó que había sido detenida mientras transmitía información a un punto de Alaska… Pero Solid Snake no tenía tiempo para pensar en supuestas traiciones. Tenía poco tiempo para llegar hasta la fundición y prefirió centrar su mente en la misión. Ya tendría tiempo después para investigar a Hunter y sus contactos. Unos instantes rodeada de los vapores del cuarto de calderas y la PAL Key adoptó un tono rojizo. A pesar de la gran distancia entre la fundición y la sala de control del bicho, Solid Snake voló como el rayo antes de que las bajas temperaturas de los dominios de Vulcan Raven echaran sus planes por tierra. Una nueva llamada del Codec interrumpió la carrera. La sorpresa invadió el rostro de Solid al descubrir que era la propia Naomi quien llamaba. Confesó parte de lo que adelantó Miller. Había comprado su identidad, años atrás, con intención de descubrir su verdadero origen. Lo único que sabía es que había sido adoptada por un hombre que fue como un hermano mayor… Frank Jaeger «Gray Fox». Por eso, por matar a su hermano, Naomi juró venganza sobre Solid Snake y se unió a las tropas terroristas de Liquid. Aunque ya no le deseaba mal alguno, sí informó a Solid de que estaba contaminado de FoxDie, pero como parte de la misión. Alguien, en las altas esferas, no quería que Solid saliera vivo de la operación, aun cuando fuera un éxito. Con un sentimiento de soledad total, Snake atravesó la zona de los contenedores, ahora vigilada por unos soldados, para enfrentarse por última a los terminales que desconectarían para siempre a Metal Gear Rex.
La tarjeta PAL se introdujo suavemente en el tercer terminal como lo había hecho en los anteriores… ¡para activar a Metal Gear Rex! No, no podía ser. En lugar de destruir el engendro de Armstech, Solid Snake había armado las cabezas nucleares de aquella bestia. En medio de las sirenas y los inútiles esfuerzos de Solid por dar marcha atrás en los controles, Master Miller irrumpió por el Codec. Le dio las gracias a Solid por armar a Rex. Solid era la víctima de una trampa ideada desde el principio de la misión, ya que aquel tipo de pelo rubio y gafas de sol que creía Miller, no era otro en realidad que ¡Liquid Snake! Agradeciendo una vez más su labor, Liquid cortó la comunicación para encerrar a Solid en la cabina de control y liberar gas venenoso en su interior. Todos los intentos por salir de allí eran inútiles. Ni las balas ni los misiles hacían el menor daño a los cristales o la puerta. Y la mascara anti-gas sólo podía retardar una muerte segura. En plena asfixia y completamente desesperado, Solid comenzó a probar todas las frecuencias conocidas de Codec, hasta que contactó con Otacon. Tras unos segundos agónicos, este pudo neutralizar el sistema de seguridad y lograr su liberación. Fuera, cerca de la cabeza de Metal Gear Rex, Liquid esperaba a Solid para el duelo final.