Un campo de entrenamiento virtual sirve a Solid Snake para poner en práctica sus algo oxidadas tácticas de combate. Dividido en diez escenarios diferentes, cada vez que logre superar una categoría podrá acceder a otra nueva aún más exigente. Las categorías del Training son cuatro: Training Mode, Time Attack, Gun Shooting y la más difícil de todas, Survival Mission. Los diez escenarios virtuales reproducen algunas de las situaciones que Solid Snake deberá afrontar en Shadow Moses Island.
Antes de acceder directamente a Shadow Moses Island, es preferible practicar las diferentes tácticas de combate de Snake a través de los diez escenarios de dificultad creciente del modo VR Training. El primer modo de entrenamiento, conocido como Training, es bastante básico y sirve para iniciarse en artes de combate primordiales, como ¡a asfixia y rotura de cuello de los guardias, reptar por pasadizos, escapar al campo de visión de los soldados y las cámaras de vigilancia. Tras culminar con éxito los diez escenarios, Solid Snake tendrá acceso a una nueva modalidad, conocida como Time Attack. Aquí el objetivo es culminar cada escenario en el menor tiempo posible, luchando siempre contra el implacable cronómetro. Dado que la inteligencia de los guardias ha sido aumentada, en Time Attack Snake deberá empezar a utilizar técnicas más avanzadas, como golpear los muros para llamar la atención de determinados soldados. Superado el Time Attack, a Solid le espera un tercer entrenamiento virtual, conocido como Gun Shooting. Aquí ya se autoriza el uso del arma Socom, aunque con munición limitada. Con ello, Solid aprenderá a controlar el gasto de balas (únicamente se necesitan tres para fulminar a un enemigo). La dificultad estriba en que es imprescindible liquidar a todos y cada uno de las soldados del escenario para que aparezca la ansiada meta. Por último, y sólo al alcance de los más hábiles, está la modalidad Survival Mission. En ella Solid deberá superar los diez escenarios en menos de siete minutos, contando con munición limitada.