Todas las sombras sobre el origen de Solid, de la naturaleza de la misión, quedaron desveladas de boca de Liquid Snake. Ambos eran gemelos, hijos de Big Boss, parte de un proyecto genético denominado Les Enfants Terribles. Solid heredó los mejores genes, aquellos que le permitirían ser de adulto el mejor soldado de la historia. En cambio, Liquid era producto del resto de la información genética no válida, de los desechos. Su complejo de inferioridad le condujo al odio… hacia su padre, hacia su hermano, hacia aquellos que le habían creado. Ahora todos pagarían por ello, y Solid Snake sería el primero. Antes de que su hermano pudiera hacer algo por remediarlo, Liquid saltó al interior de la cabina de control de Metal Gear Rex, que comenzó a incorporarse, haciendo que toda la base subterránea temblara bajo su peso.
A pesar de no tener aún operativo el cañón de raíl (y por tanto incapaz de lanzar cabezas nucleares), Metal Gear Rex contaba con todos los demás sistemas de armamento: una descomunal ametralladora bajo la cabina, misiles, un láser de corto alcance y la contundencia de sus patas, capaces de aplastar todo tipo de carros de combate. Rex mostraba un aspecto bastante fiero y amenazador, pero poco efectivo frente a una combinación acertada de granadas Chaff y misiles Stinger. Manteniendo siempre una distancia prudente de los pies de Metal Gear Rex (para evitar sus pisotones), Solid utilizó las granadas Chaff para inutilizar momentáneamente el sistema de localización de los misiles, las armas más mortíferas de Rex. En tanto las granadas cumplían su misión, apuntó el lanzamisiles Stinger hacia el sensor del radar de Metal Gear Rex, algo parecido a un tambor, situado en su flanco izquierdo. En caso de necesitar más misiles Stinger, Solid siempre podría recolectar la abundante munición dispersa por las paredes del campo de batalla, aunque ocho o nueve fueron más que suficientes para inutilizar totalmente el sistema de localización de misiles de Metal Gear Rex. Enfurecido por su incapacidad para acabar con Solid, Liquid inició entonces una furiosa embestida directa con Metal Gear Rex con intención de aplastar a su hermano. Justo en ese momento una sombra surgió a la velocidad del rayo para detener la caída de la gigantesca pata. El ninja, Frank Jaeger, a rostro descubierto, irrumpió en el combate para destruir por completo el radar de Rex y levantar las iras de Liquid. En tanto éste recuperaba los controles de Metal Gear Solid y Jaeger, ocultos tras uno de los incontables depósitos del almacén, pudieron hablar del pasado, de Naomi, de un terrible secreto. La charla fue breve, ya que Liquid no tardó en localizar sus posiciones, tras lo cual Frank Jaeger, el ninja, se lanzo contra Metal Gear Rex en un ataque directo y suicida. como consecuencia de ello, pierde un brazo y cae aprisionado contra la pared, aplastado por una fuerza de mil toneladas. Solid tiene ante sí la oportunidad de disparar con los Stinger contra Rex o por el contrario, acortar el sufrimiento de su antiguo camarada de armas.
(No podrás disparar los stinger ni contra Jaeger ni contra Metal Gear Rex, por mucho que lo intentes. Esto simplemente forma parte de la secuencia).
Con Jaeger muerto y aplastado bajo el peso de Metal Gear Rex, Solid se dispuso a acabar de una vez por todas con aquel engendro nuclear. El nuevo objetivo, una vez destruido el sistema de radar, era la propia cabina de control de Metal Gear Rex, situada entre las piernas, en pleno centro. El arma más efectiva era, una vez más, los misiles Stinger, pero la táctica para dispararlos debía ser ahora mucho más elaborada y precisa. En caso de disponer del tope de raciones, Solid siempre podría plantarse con el lanzamisiles e ir encajando las ráfagas de ametralladora y los misiles de Metal Gear Rex, en tanto arrojara sin cesar Stingers. Liquid siempre sería el primero en caer. La otra mecánica de combate, mucho más elaborada y lenta, consistiría en no acercarse demasiado a Rex para no recibir su descarga láser, evitar las ráfagas de ametralladora y esperar a que llovieran los misiles para cambiar de ubicación unas décimas de segundo antes de que impactaran. Y entre tanto, ir acertándole en la cabina con los misiles Stinger.
La sobredosis de misiles Stinger lograron su cometido, haciendo estallar a Metal Gear Rex, con Liquid en su interior. La onda expansiva resultante arrojó a Solid Snake contra la pared con tanta potencia, que por unos minutos llegó a perder el conocimiento. Al despertar, su vista nublada difícilmente pudo reconocer a Liquid Snake acercándose, con el fuego de las explosiones tiñendo de un resplandor rojo la totalidad del hangar.
(Durante parte de la secuencia posterior es posible manejar la cámara, el punto de vista del protagonista).
Maniatado por unas cuerdas, Solid se vio obligado a tragarse entero el discurso de Liquid sobre la vigencia de unos soldados como ellos en un mundo tan manchado por la política y la burocracia. Volvió a mencionar el proyecto de Les Enfants Terribles, el experimento realizado durante los años 70, donde tomando como base células del más grande soldado, Big Boss, se crearon ocho clones, seis de ellos abortados a propósito durante la gestación para producir dos sujetos perfectos. Que ironía. Solid y Liquid ya eran asesinos mucho antes de nacer. Incluso las tropas de Fox-Hound, los Genome Soldiers, eran producto de los genes de Big Boss. En cierta forma, Solid había estado matando durante toda la misión a sus propios hermanos. El diálogo de Liquid no era más que un conjunto de divagaciones sin demasiado interés para Solid, hasta que éste pudo ver la sorpresa que le deparaba su hermano: Meryl, sin sentido y maniatada. Sin tiempo ya para continuar la charla (el pentágono había decidido bombardear el lugar para borrar toda huella de las instalaciones y de Metal Gear Rex), Liquid desató a Solid para lanzarle un último desafío, con la cabeza de Metal Gear Rex como escenario. Junto a Meryl había depositada una bomba con un contador de 3 minutos. Si Solid no lograba acabar con él en ese tiempo, Meryl moriría. Si ganaba, tendrían una posibilidad para escapar antes de que las bombas nucleares del ejército borraran aquella base de la superficie de Alaska.
Sin armamento, a puño descubierto, Solid inició la pelea con su hermano con un ojo siempre puesto en el contador de la bomba depositada junto a Meryl. No sólo debía buscar la forma de acabar con Liquid sin caer al vacío, sino que debía hacerlo en dos minutos y medio (Liquid se comió medio minuto con una de sus disertaciones).
El reducido escenario de la pelea, la cabeza de Metal Gear Rex, obligó a Solid a alejarse constantemente de los bordes. Un solo descuido podría llevarle a caer al vacío. La mejor táctica contra Liquid era el uso indiscriminado del combo Puño-Puño-Patada, para acto seguido alejarse de su alcance. Un par de veces Liquid sorteó con habilidad los ataques de Solid para devolverle la jugada con una potente patada. Por no hablar de sus demoledoras embestidas, cuando su energía comenzó a decrecer. En esos casos, Solid tuvo que estar muy atento para escapar de su línea de ataque y de esa forma poder conectarle unos cuantos puños por la espalda. Tras efectuar una serie demoledora de golpes, Solid arrojó al vacío a su hermano. Liquid gritó mientras desaparecía en las profundidades…
Solid, lleno de preocupación por el estado de salud de Meryl, no prestó demasiada atención por la caída de su hermano y corrió hasta la posición de la sobrina de Campbell.
(Es en este preciso punto donde influye el valor demostrado por Solid Snake durante la tortura de Revolver Ocelot… )
FINAL A: Snake soportó en su momento como un valiente la tortura de Ocelot, escapando de la celda en cuanto tuvo oportunidad, y sin rendirse en ningún momento. Gracias a ello, logró encontrar a Meryl viva, pero algo aturdida. En medio de las lógicas carantoñas, recibió la llamada de Otacon, vía Codec. Este le informó sobre el modo de salir de la base, antes de que todo cediese bajo las bombas del ejército. Mientras escaparan, Otacon se encargaría de desactivar las medidas de seguridad. Quizá no salga vivo de allí, pero gracias a Solid podrá comportarse al fin como un hombre…
FINAL B: Snake no aguantó las descargas eléctricas de la tortura y acabó rindiéndose con el botón SELECT. Meryl ocupó su lugar en el potro de tortura y por ello Solid se la encuentra muerta, junto a la bomba. Todo había sido una jugarreta cruel de Liquid. Justo cuando la idea del suicidio pasó por su mente, Otacon hizo su aparición en el hangar para infundir nuevos ánimos en su amigo. Juntos podrán escapar de aquel infierno de cemento y acero, que poco a poco se iba viniendo abajo por la acción de las bombas.