Ahora te encuentras en las alcantarillas de Midgar. Antes de hablar con Tifa o Aeris, sube por las escaleras y coge la poción (la vas a necesitar). Cuando intentes escapar aparecerá un bicho azul maloliente que atacará tu equipo. El tsunami daña a todos tus personajes, así que utiliza las pociones y la materia Curar para sanarte. Afortunadamente, el tsunami también hace daño al monstruo y cuando utiliza el tsunami inverso hace menos daño. La magia del Fuego funciona muy bien con él.
Sube las escaleras y ve hacia la derecha. Baja y luego sube por las escaleras. Coge la materia Robar y avanza hasta que salgas al exterior. Salva tu aventura y examina el barril de petróleo cercano entrando en el vagón de tren que hay junto al punto de salvar partida. Puedes coger otra poción en el techo del coche adyacente y luego saltar a la barra de hierro y examinar el barril que hay al Norte. Ve hacia el Este, luego al Sur entra en el vagón de tren cercano para coger otra poción más.
Sube por la escalera, ve al Norte y baja de nuevo. Ve al Norte una vez más a través del vagón de tren y sal por la izquierda para hacerte con otra poción. Ya sólo tienes que ir al Norte. Entra en las locomotoras de ambos trenes para colocarlos en otra posición y luego salta de uno a otro hasta que llegues a la estación. Ve hacia la izquierda y sube por las escaleras de la torre. En lo alto encontrarás a Barret, que está disparando al helicóptero de Shinra. Para acabar con Reno debes utilizar la magia Hielo y atacar a tus amigos cuando se encuentren paralizados por el ataque piramidal de este temible enemigo. Utiliza los límites en cuanto puedas. Hagas lo que hagas no podrás impedir que la bomba explote. El Sector 7 ha caído.
Después de que Barret llore por Marlene, Wedge y el resto de sus amigos, él y Tifa se unirán a ti en la siguiente pantalla cuando intentes salir. Vuelve atrás para hacerte con la materia Sentir y dirígete a la casa de la madre de Aeris. Habla con Elmyra y pasa la noche. Por la mañana, vuelve al Mercado Muro y haz una visita al gimnasio, donde uno de los mozos te recomendará ir al establecimiento «Machine & Gun» para comprar unas baterías de zinc. Tras esta adquisición, métete por un tramo situado junto a una tubería a la derecha, en la parte más alta del pueblo. No te costará encontrarla porque verás unos chavales jugueteando en los alrededores. Escala por el cable y encaja una de las baterías en la corriente. Cuando se ponga en marcha la hélice, continúa hacia la siguiente batería. Ahora verás un cable que oscila: el mejor momento para saltar es un poco antes de que se aproxime del todo, casi cuando esté encima de ti. Activa la última batería, baja por la tubería de la izquierda y vuelve a subir, esta vez sin desviarte.
En el cuartel general de Shinra, utiliza el ascensor principal. Cuando se pare, no te bajes y elimina a los enemigos de cada planta. Entre pelea y pelea, acércate a la consola de mandos para indicar al ascensor que deseas seguir subiendo.
Una vez en la planta 59, ve la Sudeste y mata a los guardias para hacerte con la llave del ascensor de cristal que lleva a la planta 60. Aquí tienes que conseguir llegar a la habitación de la parte superior izquierda y pasar al otro lado sin que te vean los guardias. Utiliza las estatuas para ello y procura que no te vean o tendrás que empezar de nuevo. Ten en cuenta que el grupo de guardias de la parte derecha de la pantalla se mueve más rápido que los de la izquierda. Sube por las escaleras hasta la planta 61. Habla con todo el mundo y cuando un hombre te pregunte sobre Aeris no le respondas nada. Así conseguirás la tarjeta para la planta 62. Una vez en ella, habla con el alcalde y contesta a su pregunta. La respuesta es aleatoria en cada partida, pero basta con seleccionar una detrás de otra hasta que des con la correcta. Si aciertas a la primera, conseguirás la materia Elemental.
Cuando tengas la tarjeta para la planta 63 sube allí y enciende el ordenador. Ahora tienes que abrir tres puertas. Primero la de arriba a la derecha; luego, en ese mismo pasillo, la última de abajo. Entra en la habitación y coge el cupón A.
Sube por el conducto de aire de esa misma habitación, dobla para meterte por arriba y saldrás en otra habitación donde te espera el cupón B. Ahora ve a la izquierda y abre la tercera puerta para entrar en la habitación donde se encuentra el cupón C.
Regresa al conducto de aire escabulléndote por el lado derecha y cambia los cupones en el ordenador (elige la opción inferior y luego la superior). En la planta 64 podrás salvar la partida y descansar en la habitación de tu izquierda. Ve al baño y examina los armarios. Sube a la planta 65 y verás un montón de cofres. La habitación circular contiene una réplica a escala de la ciudad de Midgar. Examínala por completo y elige la opción superior para repararla. Dirígete a la habitación superior de la izquierda y abre el cofre. Verás que dentro hay una de las piezas que faltan en la maqueta.
Regresa a la habitación circular y colócala en su sitio (se desbloquea otro cofre). Ahora sólo tienes que ir abriendo todos los cofres y encajando con paciencia todas las piezas. El último cofre es el que está situado junto a las escaleras y contiene la tarjeta de acceso a la planta 66.
Una vez en ella, ve al aseo y entra por la rejilla. Cuando acabe la secuencia cinemática, sigue a Hojo hasta la planta 67, habla con la gente y no pierdas de vista al científico. Después de mirar en la sala púrpura dirígete a las cajas que hay a la derecha y encontrarás un punto para salvar la partida y un cofre con la materia Envenenar. Sube por el ascensor que hay al Norte y elige a quien quieras que se haga cargo de Aeris. Ahora aparecerá H0512, que viene acompañado de varios sicarios. No intentes eliminar a estos últimos porque aparecerán más, en lugar de eso, utiliza Rayo y Fuego en el jefe y evita utilizar ataques físicos, Hielo o Veneno. Tras acabar con él, sube por la rejilla y coge la tarjeta de la planta 68 que te dará el asistente de Hojo, coge las pociones y dirígete al ascensor de la planta 66. Una vez en las celdas, habla con tus amigos a través del tabique y dispónte a dormir para reponer fuerzas.
Por la mañana te darás cuenta de que la puerta de la celda está abierta. Examina al guardia y habla con Tifa. Quítale la llave al muerto y libera al resto de tus compañeros. Regresa al laboratorio y habla con Red XIII. Habla con él otra vez después de coger el ascensor que lleva a la planta 68. Ahora usa la inclina y sigue hacia delante hasta que veas dos pociones púrpuras. Baja y entra en la puerta. Las luces verdes no te dañarán, así que pasa a través de ellas y coge dos pociones más antes de subir por las escaleras a la planta 69. Sube por cualquier escalera y verás que alguien ha matado al presidente de Shinra. Sal por la puerta Norte y habla con Rufus. Guía al resto del equipo hasta el ascensor y prepárate para el combate. Primero te atacará un enorme robot al que debes combatir a largo rango. El Veneno no le causará daño, pero es especialmente sensible al Rayo. Antes de que te dé tiempo a recuperarte, te atacará un segundo robot contra el que debes utilizar la misma táctica. Mientras tanto, Cloud se las tendrá que ver contra Rufus, que viene acompañado por una enorme pantera. Acaba primero con el felino porque puede lanzar un hechizo de protección sobre Rufus. Éste te atacará con su ametralladora, así que no te debes preocupar demasiado por tu energía. Cuando le hayas hecho suficiente daño escapará en helicóptero. Deja la azotea y reúnete con Tifa que te está esperando.
Baja al hall de entrada del edificio y sigue a Aeris. Tras una breve conversación escaparás montado en una flamante motocicleta. Tienes que atacar a las otras motos mientras evitas que ataquen al coche en el que escapan tus compañeros. Además de darles con la espada, tienes que echarte sobre ellos para hacerlos derrapar. Cuando hayas avanzado lo suficiente, te atacará un gran tanque armado con poderosos lanzallamas. La mejor manera de terminar con él es atacar con la materia Rayo y curar a todo el grupo con el limite de Aeris. El Hielo funciona bien contra este jefe, y también los ataques directos.