Nada más llegar entra en la puerta que hay en frente y toca la Melodía de la Voluntad para tomar el control de Makore. Con él vuela al otro lado de la sala y pulsa el interruptor que encuentras para que se quite la corriente de aire. Toma de nuevo el control de Link y sube al resorte que encuentras. Una vez arriba ponte las Botas de Plomo y quítatelas para salir impulsado hacia arriba. Luego usa la Hoja Deku y planea hasta el otro extremos de la sala. Coge a Makore y continúa por la puerta.
Elimina a las dos estatuas (dándolas primero con una flecha en el ojo y luego atacándolas por la espalda) y posteriormente usa la Hoja Deku para dar aire al mecanismo. De esta forma se quitará la pared y podrás llegar al fondo de la sala, donde vas a encontrar dos zonas de arena en las que tienes que plantar semillas con Makore (colocándote encima y pulsando el botón A). De esta manera vas a quitar los barrotes de la puerta y vas a poder avanzar. En la siguiente sala usa a Makore para ir subiendo por la plataformas e ir plantando semillas así en las zonas de arena que encuentras. Cuando lo hagas en la última de todas, inevitablemente será atrapado por una de las manos enemigas y encerrado en una jaula. Entra por la puerta que se abierto a mano derecha.
En la siguiente sala vas a encontrar a Makore encerrado, pero de momento no puedes sacarle. Entra por la puerta que hay justo enfrente custodiada por dos Armos Max. Dentro déjate caer por el hueco de la derecha y usa la Hoja Deku en el mecanismo para que la pared de enfrente se quite. Colócate encima del resorte y usa las Botas de Plomo para ascender de nuevo a la parte superior. Ve al fondo de la sala donde encontrarás una puerta a mano derecha y un mural donde puedes tocar la Melodía del Espíritu del Viento (de momento no puedes, ya que tienes que tocarla junto con Makore).
Entra en la puerta y llegarás a una sala muy grande con muchas corrientes de aire. Usa la Hoja Deku primero para llegar a la izquierda, donde hay un interruptor que debes accionar para que puedas continuar. Elimina con Flechas a los enemigos llamados Invocatis y continúa planeando con la Hoja Deku. Si sigues de frente llegarás a un cofre que contiene el Mapa de la Mazmorra.
Tras coger el Mapa date la vuelta y sigue planeando por el camino que hay a la izquierda. En el caso de que te caigas, tendrás que volver al inicio y subir por la enredadera que encuentras para llegar a la parte superior. Continúa volando aprovechando las corrientes de aire, hasta que llegues a la puerta que hay al final.
Colócate en el resorte que encuentras al inicio y ponte las Botas de Plomo para hacer que el suelo se abra y puedas llegar a la parte inferior de la sala. Déjate caer abajo del todo para encontrar dos puertas, una normal y otra con cerradura. Entra por la puerta normal para encontrar unos cuadrados en el suelo. Colócate encima del cuadrado de la derecha y usa las Botas de Plomo para romperlo y caer abajo.
Elimina a todos los Chuchu Verdes que encuentras. Posteriormente, verás que hay dos bloques, uno normal y otro con un resorte en la parte superior. Si te fijas en el techo de la zona de fondo de la sala, verás que hay un hueco. Lleva el bloque del resorte hasta colocarlo debajo del agujero del techo y el otro bloque al lado para que puedas ascender al resorte. Usa las Botas de Plomo en el resorte y quítatelas para que puedas llegar arriba, donde encuentras un cofre con una Llave Pequeña.
Tras coger la llave, vuelve a la sala anterior y entra en la puerta con cerradura. Dentro de esta habitación encontrarás un enemigo llamado Invocatis de color rojo con el que tienes que acabar. Debes destruirle rápidamente, ya que hace aparecer enemigos constantemente. Una vez que acabes con él, derrota a todos los demás y te aparecerá un cofre con el Gancho. Tras cogerlo, fíjate que en de las plataformas que hay en la parte superior, tiene un resorte. Usa el Gancho en la parte superior para llegar a él. Golpéale con el Martillo y se abrirá la puerta para salir. Usa el Gancho para ir ascendiendo por las plataformas. Cuando hayas llegado a la cuarta plataforma usa la Hoja Deku para volar al otro lado donde encuentras un resorte y un cofre con la Brújula. Continúa subiendo con el Gancho y usando los resortes hasta que llegues arriba del todo. Vas a ver a Makore encerrado en la jaula y justo delante una estatua de piedra. Ponte las Botas de Plomo y usa el Gancho en la frente de la estatua para derribarla. De esta forma conseguirás un Collar de la Felicidad y liberarás a Makore. Cógele y dirígete a la puerta que hay en el Oeste sin cambiar de planta (con Makore volando y Link usando el Gancho). En la siguiente sala elimina primero al enemigo llamado Invocatis, luego vuela con Makore hasta la parte superior y haz lo mismo con Link usando en Gancho en los árboles que aparecían cuando Makore plantó las semillas. Una vez que llegues arriba, cógele y entra por la puerta. Elimina a los enemigos que encuentras volando usando el Gancho y atacándolos con la Espada y repite la misma operación de antes para llegar arriba del todo. Al entrar por la puerta, verás dos interruptores. Activa cada uno con un personaje. Al hacerlo se abrirá el suelo que hay abajo del todo. Usa la Hoja Deku para descender a la puerta que hay al este, donde había dos Armos Max (según bajas a mano izquierda). Una vez dentro toma el control de Makore para volar al otro lado de la sala. Luego pasa con Link para llegar al final, donde tienes que tocar la Melodía del Espíritu del Viento para que se abra un pasadizo. En el interior encontrarás unos enemigos llamados Ferrus a los que debes derrotar para conseguir la Gran Llave. Una vez que hayas cogido la Llave, vuelve hacia atrás a la sala circular y déjate caer abajo del todo para caer debajo de la compuerta que se abría anteriormente. Encontrarás un interruptor, coge a Makore y colócate encima de él para que baje la plataforma que hay en frente. Rápidamente sube a ella para que te ascienda de nuevo. Arriba vas a encontrar dos zonas de arena en las que tienes que plantar semillas con Makore. De esta forma vas a provocar que salga una corriente de aire ascendente.
Cuando aparezca esta corriente salta a ella para que te suba a la planta superior. Entra en la puerta que hay en el Sur y elimina a todo los Armos que hay en el interior (golpeándoles primero con Flechas y luego atacándolos con la Espada por la espalda). Al derrotar a todos conseguirás una Llave Pequeña.
Tras coger la llave, déjate caer de nuevo abajo del todo y entra por la puerta con cerradura. En el interior de esta sala derrota a todos los enemigos que encuentras y luego usa el Gancho para ir ascendiendo por las plataformas. En una de ellas vas a encontrar un interruptor que debes accionar con las Botas de Plomo. Entra por la puerta que se abre en la parte inferior con Makore. En la siguiente sala toma el control de Makore y vuela por encima de la corriente de aire. Una vez al otro lado, colócate encima de la arena y pulsa el botón A para plantar una semilla. Al hacerlo aparecerá un árbol en el que te puedes agarrar usando el Gancho. Entra en la siguiente sala para ver varias corrientes de aire y tres bloques al inicio. Tienes que hacer lo siguiente:
Empuja el bloque de la derecha, dos espacios a la izquierda e intenta atrapar a las dos cuchillas en la pared de la derecha (si te empuja el aire ponte la Botas de Plomo).
Empuja el bloque del medio hacia delante, hasta que caiga en la zanja que hay en el suelo.
El bloque de la izquierda pásalo por encima del bloque que introdujiste en la zanja y bloque la cuchilla que hay antes de la puerta.
Por último, equípate con las Botas de Plomo, coge a Makore y cruza hasta el final de la sala. Toca la Melodía del Espíritu del Viento para quitar el mural y poder continuar. De esta forma vas a encontrar la puerta que te lleva hasta el enemigo final:
VERMINUS
Forma de Atacarte: Te atrapa con la boca si estás muy cerca de él. Además te lanza crías de Verminus que también te atacan.
Forma de Eliminarle: Tienes que aproximarte a él (no mucho porque sino te atrapa con la boca) y usar el Gancho en su lengua para atraerle. En ese momento golpéale constantemente con la Espada. Repite el proceso varias veces hasta que acabes con él.
Al derrotarlo conseguirás que la Espada Maestra vuelva a tener sus poderes.