Coge la materia Neo-Bahamut que está cerca del borde de la pantalla. Luego ve a la izquierda, habla con los dos hombres embozados (y coge los objetos que dejan al evaporarse) y detente frente a la corriente verde. En tu descenso al interior del cráter te encontrarás tres barreras creadas por corrientes de energía mágica. He aquí el método para pasarlas: espera a que se calme el viento antes de pasar, y en la segunda barrera debes además esperar a que la energía esté en su punto más bajo. Tras las barreras te espera Sefirot, o mejor dicho, una nueva versión de Jenova que te atacará en cuanto el villano lo ordene. Jenova intentará Silenciar a tus personajes y acto seguido atacarles con la luz Roja y el Viento Tropical. Utiliza el Aro de Dragón para evitar el daño del fuego y lanza Cometas y lento sobre Jenova. Invoca a tus más poderosos aliados (los dos Bahamut) y habrás ganado el combate sin demasiadas bajas. Dale la Materia Negra a Red XIII o a Barret para que la guarde y después habla con Tifa. Dirígete hacia el Norte (coge la materia amarilla) y abre el cofre. Si sigues hacia el Norte llegarás a la tercera barrera, en la que además de viento y energía verde hay relámpagos. Espera a que el aura decaiga, la energía decrezca y haya una pausa entre relámpago y relámpago. Cuando la hayas pasado avanza por el camino y llegarás a una réplica de Nibelheim. Cuando controles a Cloud, habla con Sefirot y luego con Tifa dos veces.
Cuando controles a Barret en la prisión de Junon, sigue a Tifa mientras los guardias se la llevan. Pelea contra los dos guardias y no te preocupes por no poder abrir la puerta de la cámara de gas de Tifa. Ve hacia el aeropuerto, es decir, sal de la habitación y ve a la derecha. Cuando Arma salga del mar, ve a la izquierda hasta que llegues finalmente al aeropuerto. Corre hasta el centro de la plataforma y examina la caja amarilla. Desde el nivel superior, ve a la derecha.
Cuando controles a Tifa, realiza los siguientes movimientos para zafarte de las correas que te mantienen atado a la silla: pies, pies, cabeza, pies + cabeza, cabeza + brazo izquierdo, brazo izquierdo. Cierra la espita de gas que hay a tu izquierda y espera a que Arma te proporcione una salida… de emergencia. Sal por el agujero, desciende por la pared del edificio y corre por encima del enorme cañón que tienes a tu izquierda. Abofetea a Escarlata y espera a que Barret te rescate con Viento Fuerte.
Como Tifa, habla con todos los miembros de la tripulación y luego dirígete a la sala de Operaciones y habla con el hombre que encontrarás aquí. Regresa a la sala de control y habla con el timonel. Elige la opción superior y prepárate para pilotar a Viento Fuerte. Tu próximo destino es Mideel, en el continente del Sur. Aterriza en la hierba y entra en el pueblo. Haz todas las compras que quieras y luego ve a la parte Norte de la aldea. Cuando controles a Cid, ve a la sala de Operaciones de Viento Fuerte y forma un nuevo equipo. Ahora tienes la opción de hacerte con las cuatro Materias Enormes que intenta recolectar Shinra, pero ten en cuenta que esta parte del juego es completamente optativa. Puedes acabar el juego igual si no consigues ninguna Materia o si simplemente decides no molestarte en buscarlas.