El nuevo Mortal Kombat está lleno de guiños a los primeros juegos de la saga, empezando por la posibilidad de escuchar la música clásica de selección de niveles del primer Mortal Kombat. En la zona de selección de jugador hay que ir a la zona de selección de arena y presionar Start, el anunciador se ríe y es la señal que elegimos la opción clásica del tono de esa arena.
Al igual que en los primeros juegos, podemos realizar diferentes códigos en las peleas del modo VS. Hay que realizar distintas combinaciones de números con el jugador 1 y el jugador 2 y obtendremos los siguientes efectos especiales:
P1: 1-1-0 P2: 0-0-0, si seleccionamos este orden de los números, el jugador 1 tendrá la desventaja de contar con la mitad de la energía. Es una buena forma de entrenamiento contra jugadores con mayor experiencia.
P1: 0-0-0 P2: 2-2-0, al igual que el truco anterior, en este caso el segundo jugador tiene 1/4 de energía, más difícil todavía para aquellos jugadores con grandes habilidades que intentan darle una oportunidad al rival.
P1: 1-1-1 P2: 1-1-1, activa un modo torneo donde iremos luchando contra diferentes personajes en formato de eliminatoria.
P1: 6-6-6 P2: 6-6-6, los no muertos llegan a Mortal Kombat con la modalidad de peleas zombies y los combos más espectaculares y con sangre zombie regando la pantalla.
P1: 0-9-1 P2: 0-9-1, activa una Híper Pelea donde los golpes y combos son más devastadores.
P1: 2-2-7 P2: 2-2-7, los personajes explotan, los trucos son explosivos y todo el combate se desarrolla como si un cartucho de dinamita activara cada salto y combo especial.
P1: 0-2-2 P2: 0-2-2, restringe el campo visual de los combates al activar el modo Combate Oscuro.
Las batallas secretas del modo arcade incluyen: la pelea de Jade (ganando dos veces sin recibir daño y utilizando una Fatalitie contra Shang Tsung); la pelea de Smoke (hay que esperar a que aparezca Smoke en el nivel El Bosque Viviente y presionar Abajo + Select varias veces); la pelea de Noob Saibot (después de ver a Noob Saibot en el escenario de El Templo hay que ganar sin presionar R2); y la pelea secreta de Reptile (hay que conseguir dos victorias sin daño después de que aparezca una figura en sombras por delante de la luna y realizar una Fatalitie de escenario).
El traje especial de Kratos se consigue jugando el modo escalera con Kratos y venciendo a Shao Kahn.
Hay otros tres personajes y trajes disponibles: Cyber Sub-Zero (activado después de ganar el capítulo 13 en el modo historia), Quan Chi (al terminar el modo historia aparece como personaje elegible) y Mileena en su tercer traje (tras ganar el nivel 300 de la torre de los desafíos).
Para poder realizar las Babalities en jefes finales hay que cumplir determinadas condiciones:
Goro/Kintaro: hay que jugar en dificultad media o superior y no usar nunca la opción de continuar.
Shang Tsung: no hay que usar el botón de bloqueo en el último round contra Goro/Kintaro.
Shao Khan: también en dificultad media o superior, sin usar la opción de continuar y habiendo logrado Babalities con todos los otros personajes de la escalera.